大陸2008年實施的新企業所得稅法和兩岸未簽訂避免雙重課稅協定，造成台商赴大陸投資在稅務上存在極大不確定性，也使台商陷入稅務規劃時的兩難處境。舉例來說，由於大陸新企業所得稅法要求外商投資企業在匯出利潤時，除了境外母公司是香港或新加坡等地，在符合特定條件情況下可以享受5%的稅率外，大部份台資企業在匯出利潤時都得再繳納10%的利潤匯出所得稅。 但若境外股東不是法人身份，而是以個人身份投資大陸設立公司，那依目前還未修改的大陸稅法來看，匯出利潤給外籍個人股東可以免繳利潤匯出所得稅，於是便有許多台商把大陸公司的境外股東由原先的境外公司投資改成台籍個人投資，希望藉此達到免繳利潤匯出所得稅的目的。 問題是依2009年的59號文規定，將境外股東從境外公司換成台籍個人，很可能就會先被要求繳交股權轉讓所得稅；其次，大陸稅務局會讓外籍個人股東免繳利潤匯出所得稅，到底是長久的政策，還是未修改稅法而已，不得而知。但無論如何，將境外股東由境外公司法人身份變成台籍個人身份，最大的稅務風險是來自台灣，而不是大陸。 根據台灣現行法律法規，個人直接來源於大陸的所得並不是境外所得，而是視同台灣境內個人所得，必須合併一起申報台灣個人所得稅，所以，如果把大陸公司的境外股東改成個人投資，表面上看起來是省了大陸端10%的利潤匯出所得稅，但台灣端卻要合併進台灣個人所得稅申報，最高稅率高達40%，不見得划得來；另外，不只每年從大陸取得的利潤分配也要併入台灣個人所得稅進行納稅申報，就是日後出售股權給第三方，出售股權所得也一樣要併入台灣個人所得稅的課稅範圍。 過去大部份台商都是以台灣個人身份先透過第三地境外公司投資大陸，這種架構從台灣角度來看，在台灣個人股東的稅務問題上，因為透過一層境外公司，所以台灣個人是從境外公司取得收益，不是直接來源於大陸所得，因此屬於個人境外所得範圍，適用2010年生效的台灣居民海外所得課稅範圍。之前專欄曾分析，在台灣一年居住未滿183天，同時已辦理戶籍遷出者，可以免除台灣居民海外所得課稅，這便是本文一開始所說的稅務規劃上的兩難，透過境外公司投資大陸，雖然得繳10%的利潤匯出所得稅，但有機會爭取免除台灣居民海外所得課稅；反過來若是以台籍個人身份投資大陸，則雖然可以免除10%的利潤匯出所得稅，但卻會面臨台灣個人所得稅的問題。 最後值得一提的是，大陸台資企業在規劃大陸上市時，要特別注意以境外個人股東身份持有大陸股權的問題，因為除了上述稅務問題須考慮外，目前創業板不傾向允許實際控制人或大股東透過境外公司持有上市公司股權，但在主板則無此要求。
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