台商都知道取得「高新技術企業認定」可以享受15%企業所得稅稅率，問題是台商常忽略高新技術企業認定不是一次認定就終生受用，高新技術企業的認定有時效性，每次有效期限為三年，三年期滿前三個月內，企業要自己提出複審申請，複審要提交最近三個會計年度有關技術創新的報告，和具有資質的會計師事務所出具的近三個會計年度企業研究與開發費用，及最近一個會計年度有關高新技術產品或高新技術服務收入的專項審計報告。
其中又以研發費用占年度銷售收入比例做為官方最關心的重點，已公布的複審要求中，取得高新技術企業認定的公司，若是年銷售人民幣5000萬以下，研發費用占當年銷售收入比率須大於6%；年銷售收入在5000萬和2億元間，須大於4%；若年銷售收入大於2億元，這個比例只要大於3%即可。 實務中，稅務局常對已取得高新技術企業認定的台商查稅，重點除了釐清認定為高新技術企業費用項目的內容合不合理外，稅務局還會針對申請高新技術企業過程中，文件資料的真實性重新論證，特別是在大專以上學歷的科技人員，須占企業當年職工總數的30%以上，其中的研發人員又要占企業當年度職工總數10%以上，這兩項條件是台商最常被稅務局質疑的焦點。 除高新技術企業認定外，研發費用可以加計抵扣150%也是台商可以利用來節稅的作法，一般來說，只要具備研發費用加計抵扣條件的費用項目，都符合高新技術企業的費用項目，而且境外研發費用只要不超過全部研發費用的40%，境外研發費用也可以納入申請高新技術企業認定或研發費用加計抵扣的範圍。 對台商來說，常都是「台灣研發大陸生產」的分工模式，造成研發費用多由台灣總公司承擔，利潤卻都在大陸子公司的尷尬現象，最正確的作法是讓大陸子公司分擔部份研發費用，讓大陸台資企業委託台灣母公司進行研發，使大陸子公司光明正大地支付台灣母公司研發費用，既可增加大陸子公司費用有利於節稅，也有利於執行高新技術企業相關的節稅規劃，但若大陸子公司想在大陸上市的話，委託台灣母公司研發的作法，有可能遭來研發不夠獨立的質疑。 更新的作法是從大陸回台灣設立研發子公司或研發分公司，從財務上把台灣的研發機構搬到大陸在台灣設立的子公司或分公司上，這兩者要留意財務處理的不同。首先，對台灣來說，分公司利潤匯往海外總公司不用再課稅；而海外子公司在台灣的利潤要匯出，須在台灣再課徵20%的利潤匯出所得稅；另一方面對大陸來說，大陸公司設在海外的子公司或分公司，會計利潤上沒有什麼差別，都是合併報表，但大陸稅務局對於海外分公司的費用規定不予稅前列支，也就是海外分公司的費用不能減少納稅，但對於計劃在大陸上市的大陸台商來說，透過海外子公司或分公司進行研發費用的認列卻是最符合研發獨立的要求。
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