權利金與授權費用之雙重課稅爭議
在關稅的領域中，與智慧財產權有關之各種權利金及授權費用課稅問題，一直存在很大的爭議，依據WTO 關稅估價協定及台灣關稅法規，決定權利金與授權費用是否須計入完稅價格課徵關稅的三個要素為：1. 該等費用係與進口貨物有關；2. 該等費用係與進口貨物之交易條件有關；3. 該等費用尚未計入進口貨品之實付或應付價格中。
就實務認定而言，台灣海關傾向以權利金及授權費用之計價方式等形式要件，決定相關費用是否與進口貨品之交易及其交易條件有關。倘該等費用之計價方式，係以淨銷售額為基礎，或與貨品之銷售數量或是金額有關者，則很有可能被海關計入完稅價格中並課徵關稅。
然而，就權利金及授權費用與進口貨品如何相關、如何成為其交易條件等實質要件之討論，在目前的海關實務、函示或是相關判例中，大多付之闕如。
除此之外，與智慧財產權有關之各種權利金及授權費用課稅問題，並非只有關稅方面的考量而已。依據《所得稅法》第8條第6款之規定：「中華民國來源所得，包括專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利，因在中華民國境內供他人使用所取得之權利金。 」也就是說，依據所得稅相關法令，倘一權利金及授權費用，係為了在台灣境內使用如專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利所支付，則因其性質應屬於中華民國來源所得，應依所得稅法規定，申報納稅或由扣繳義務人於給付時扣繳稅款。
在海關越來越重視權利金及授權費用議題、繼續以現有課稅見解加強稽核力道情況下，可以預見將有越來越多的權利金與授權費用，不管是否真的與進口貨品及其交易有關，只要其計算方式與貨物之數量或銷售扯上關係，很有可能會被海關加計於完稅價格中課徵關稅。也因此，廠商除了依據所得稅法規定，就權利金及授權費用申報納稅或由扣繳義務人於給付時扣繳稅款外，很有可能要面對關稅與所得稅，雙重課稅的不公平待遇。
但是，針對單一標的雙重課稅，明顯與危害了納稅義務人的權益及違反了租稅正義的原則。即便是所得稅與關稅係屬不同稅種，權利金及授權費用，也絕對不應同時成為兩種稅項之課稅標的。
依據《中華民國來源所得認定原則》第10條第3款規定，外國營利事業對中華民國境內之個人、營利事業或機關團體銷售貨物，符合下列情形之一者，按一般國際貿易認定：「（一）外國營利事業之國外總機構直接對中華民國境內客戶銷售貨物…。」換句話說，如果一項費用或收入，被認為是外國營利事業之貨品國際貿易所得，則並非屬於中華民國來源所得之範圍。
就國際貿易貨品交易的買賣關係而言，賣方的國際貿易所得（銷貨收入），應與買方之商品進購成本互相對應。就實際交易而言，買賣方間之交易，有可能尚未全面完整包括實付或應付之商品進購成本。易言之，在貨品交易之中，確實可能有部分與貨品交易有關之權利金及授權費用，尚未包含於貨品的交易價格中。因此，《營利事業所得稅查核準則》第37條規定：「原料、物料及商品之購進成本，以實際成本為準。實際成本，包括商品取得之代價、及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必要費用。」
換句話說，就所得稅法及經濟實質而言，倘一權利金或授權費用被納入完稅價格中，此費用應可視為商品取得之代價、或及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必要費用，成為商品之進購成本。在所得性質的認定上，相關費用應可被認定為國際貿易所得，而非中華民國來源所得。倘一費用係屬中華民國來源所得，則不應與國際貿易及貨品交易產生關係，因此不應具有國際貿易所得之性質。
此外，基於國際租稅理論及各國慣例，來源所得係因在一國境內經營工商等「境內因素」而發生。任何針對由境內因素而發生之來源所得所課徵之稅費，應屬內地稅性質。而例如國際貿易等非來源所得，則與境內因素無關，非屬內地稅之課徵範圍。簡言之，如果一稅費係針對貨品跨境交易之國際貿易所得所課徵，其稅捐性質就絕對不應該被認定為屬於內地稅的所得稅。
此分類方式，與WTO爭端解決小組就內地稅與關稅之分類方式一致。依據WTO，「中國- 汽車零件案」之小組裁決報告表示，決定一稅費是否為內地稅的重點，即在於該稅費義務的產生，是否係因「境內」因素所發生，即貨品進口後所發生之如境內轉售等因素。
就關稅的定義而言，WTO爭端解決小組表示：關稅的支付義務，係於貨品進入一締約國關稅領域後、但進入其國內市場前發生。相較於一般關稅（ordinary customs duty），支付內地稅的義務，並不在貨品進口至另一締約國關稅領域的當下發生。支付內地稅的義務，係在該貨品進口後，所產生的境內因素（如，在國內轉售或使用該產品）而發生。如果支付稅費的義務，不在於貨品進口之際發生，它就不能被稱為GATT 1994架構下之一般關稅. . . 反之，由於該等稅費乃係基於境內因素所發生，其性質應屬「內地稅」。這也表示因為境內因素所發生的費用，儘管其計價方式係與貨品數量或交易有關，這樣的費用也絕對不包含於關稅的課徵範疇。
綜合以上從所得稅及WTO協定出發所做的分析，所得稅來源所得之認定方式與WTO關稅與內地稅之辨別方式，不約而同皆以「境內因素」作為決定標準。在標準相同的情況下，一種費用，原則上只應被認定具有一種性質，在所得稅的架構下，僅有來源所得與非來源所得之二分法；在WTO的架構下也僅有內地稅與關稅兩種可能性。
不論從來源所得或是WTO的角度出發，與智慧財產權有關之各種權利金及授權費用，如果是因為「境內因素」產生，在性質上應為來源所得，且屬內地稅之課徵範疇，而不屬於關稅之課徵範疇。反過來說，如果相關費用係與國際貿易之貨品或交易有關，則非屬所得稅來源所得，應被加計於完稅價格課徵關稅。
也因此，與智慧財產權有關之各種權利金及授權費用，應僅具備單一性質，不可能且不應該同時歸屬為來源所得及因商品交易所產生之國際貿易所得。而在稅務稽徵實務操作上，關稅及所得稅主管機關也應避免以雙重課稅的不公平待遇，處理相關權利金與授權費用。
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